河流生态系统是指河流水体的生态系统，属流水生态系统的一种，是陆地和海洋联系的纽带，在生物圈的物质循环中起着主要作用。河流生态系统包括陆地河岸生态系统、水生态系统、相关湿地及沼泽生态系统在内的一系列子系统，是一个复合生态系统，并具有栖息地功能、过滤作用、屏蔽作用、通道作用、源汇功能等多种功能。河流生态系统水的持续流动性，使其中溶解氧比较充足，层次分化不明显。河流生态系统始终处于动态变化的过程中。河流生态系统由生物和生境两部分组成。其中，生物是河流的生命系统，生境是河流生物的生命支持系统。河流生态系统的空间尺度有多种划分方法，从宏观来讲，大致可以划分为景观（区域）、流域、河流廊道和河段等4种。